La adhesión de la Santa Sede al Proceso de Bolonia (que tuvo lugar en Berlín el 19 de septiembre de 2003 durante una reunión de los ministros de educación de la Unión Europea) estuvo determinada por su deseo de perseguir y alcanzar algunos de los objetivos incluidos en el Proceso de Bolonia tales como:
- El respeto por la naturaleza específica y diversa de los distintos sistemas universitarios.
- La creación de un Espacio Europeo de Educación Superior común para fomentar la colaboración de las instituciones universitarias a escala internacional.
- El énfasis en la calidad como valor intrínseco y necesario para la investigación e innovación en el ámbito universitario.
La Agencia colabora con instituciones académicas en la definición de procedimientos internos para evaluar la calidad de la enseñanza, de la investigación y de los servicios, y lo hace desarrollando y utilizando los recursos adecuados (directrices, cuestionarios, bases de datos, redes informativas, etc.). Además, la AVEPRO también organiza procesos de evaluación externos para instituciones académicas individuales y organiza la visita de expertos.
Respetando su carácter independiente, la Agencia colabora con todos aquellos interesados en la vida y progreso de las universidades y facultades eclesiásticas, esto es: las propias instituciones, la Congregación para la Educación Católica, las Conferencias Episcopales, todas las autoridades regionales, nacionales e internacionales, y todos aquellos que trabajan en las diversas diócesis de los países en los que se han establecido instituciones académicas eclesiásticas.
