L’adhésion du Saint-Siège au Processus de Bologne (qui a eu lieu le 19 septembre 2003 lors d’une réunion des Ministres de l’Éducation de l’Union Européenne à Berlin) a été déterminée, entre autre, par l’intention de poursuivre et atteindre plusieurs des objectifs inhérents au processus de Bologne tels que:
- Le respect de la diversité et de la spécificité des différents règlements universitaires;
- La création d’un espace commun de l’enseignement supérieur qui favorise l’implication des institutions universitaires dans une dimension internationale;
- Mettre l’accent sur la qualité comme valeur fondamentale et nécessaire pour la recherche et l’innovation dans les universités.
L’Agence coopère avec les institutions universitaires dans la définition des procédures d’évaluation de la qualité interne de l’enseignement, la recherche, les services, à travers le développement et l’utilisation d’outils opérationnels appropriés (lignes directrices, questionnaires, bases de données, réseaux d’informations etc). De plus, elle planifie les procédures pour l’évaluation externe des institutions universitaires individuelles, en organisant des visites d’experts sur place.
Tout en opérant en pleine autonomie, l’Agence travaille en partenariat avec toutes les parties prenant part à la vie et au progrès des Universités et Facultés ecclésiastiques: les institutions-mêmes, la Congrégation pour l’Éducation Catholique, les conférences épiscopales, toutes les autorités internationales, nationales et régionales ainsi que tous ceux qui travaillent dans les différents diocèses des pays où siègent les institutions universitaires ecclésiastiques.